媽祖信仰與本宮淵源
媽祖，為民間信仰之女神，傳說其姓林名默（初生至彌月皆不聞啼聲，故名為「默」），宋朝建隆年間（西元960年）生於福建莆田湄州嶼 ，幼時即顯靈異特質，通悟祕法，能言人禍福，為鄉民除災解厄，有神女之稱。林默終生未嫁，28歲得道飛昇，莆田居民感念而加以祭祀，靈顯事跡屢現，尤以海上護航為最。沿海地區以討海為生，崇敬海神，媽祖信仰由是而興，自福建一帶擴散，歷代朝廷屢加褒揚敕封，逐步形成媽祖奉祀榮景。
臺灣媽祖信仰之大興，當在施琅入臺之後。清代以前之史料，未見關於臺灣媽祖廟之紀錄，至清康熙年間，首任臺灣府諸羅縣令季麒光著作中首度出現關於「東寧天妃宮」之紀錄。施琅入臺後，推崇媽祖信仰，東寧天妃宮遂改建官廟，水師各衙亦置建天妃宮，此後或由官方興建，或由居民自建，各地媽祖廟紛立。由此觀之，臺灣媽祖信仰勃發，與政治力量之推波助瀾有關，而文獻可徵之臺灣首座媽祖廟，則為南明寧靖王府改建而來，亦即今日位於臺南市中西區之全臺祀典大天后宮，具有特殊的歷史地位及文化價值。
季麒光所撰康熙33年（1694年）刻本之《蓉洲文稿‧募修天妃宮疏》記載：「東寧天妃宮者，經始于寧靖王之捨宅，而觀成於吳總戎之鳩工也。」明崇禎帝自縊後，鄭成功奉明正朔於臺灣，其子鄭經於1663年迎寧靖王朱術桂入臺，興建府邸禮遇之 ；至施琅攻占澎湖 ，朱術桂於自縊前捨宅邸為宮廟 ，施琅入臺，即當於此「天妃宮」受降 ；與施琅共同征臺之吳英（即「吳總戎」）留守臺灣，募修天妃宮，而施琅上奏，康熙帝加封「天妃」為「天后」，稱廟為「大天后宮」，贈「輝煌海澨」匾，改制官廟 。康熙59年（1720年），下詔春秋致祭，編入朝廷祀典，是為「祀典大天后宮」名稱之由來。
清雍正、乾隆二朝，多次贈匾、整修，如雍正元年（1723年）水師提督藍廷珍題獻之「神潮徵異」匾、雍正四年（1726年）雍正帝頒發之「神昭海表」匾、乾隆53年（1786年）所頒之「佑濟昭靈」匾等，今日仍有仿作懸掛於廟內；乾隆30年（1765年）知府蔣允焄增建之官廳建築、乾隆43年（1778年）知府蔣元樞重修之碑記亦留存至今，至清嘉慶5、6年（1800、1801年），尚有「海國安瀾」匾之頒贈、聖父母廳之闢設，然而，嘉慶23年（1818年）發生大火，《臺灣采訪冊》 記載「中殿及後殿俱燼，神像、三代牌位蕩然無存。住持僧所蓄銀錢俱鎔化。惟大門一列尚存。」經三郊捐資、募款修繕，清道光元年（1821年），三郊獻「貺昭慈濟」匾以誌其事，修復工程亦持續進行，道光10年（1830年）所立之「重興大天后宮碑記」，詳列捐款名單，文武官員、仕紳商賈、平民百姓皆在列。
清咸豐年間，官員、郊商尚為主要發起捐資重修者，至清同治時，政治動盪、社會變遷日劇，官、商皆未能再主導宮廟修葺，迨清光緒、宣統，更無維修；日治時期昭和16年（1941年），幾遭標售，經總督府文教局宗教調查官宮本延人介入保存。
直至二次大戰後，1948年起陸續重修，蔣允焄增建之官廳建築改為今之三寶殿即是於民國60年（1971年）整修而成；民國93年（2004年），因媽祖神像朽壞而重塑金身，今日之大天后宮樣貌大致底定。
本宮重要封賜
一、康熙23年（1684年）
康熙勅封天后，下旨改建寧靖王府為大天后宮，奉旨諭祭懸額記其事，御勅龍匾「輝煌海澨」。（參見蔣毓英《臺灣府志》）
二、雍正4年（1726年）
平定朱一貴之亂，因神效靈御賜「神昭海表」匾。
三、乾隆53年（1788年）
林爽文事件平定後，從大天后宮複制各一匾送鹿港天后宮、茅港尾天后宮及楠梓天后宮。
四、咸豐3年（1853年）
王懿德進〈軍機處錄福建巡撫王懿德為請加封天后並賜匾額事奏摺〉：
「王懿德 請加天后封號並頒匾額由
奏 隨旨交七月二十四日
兼署閩浙總督福建巡撫臣王懿德跪奏，為神靈顯應，懇請加封並乞欽頒匾額恭摺奏祈聖鑒事。竊臣接據福建臺灣鎮總兵恒裕、臺灣道徐宗幹，章稱臺灣地方近年以來，洋面極為平靜，雖遇風暴鮮有失事，大小官員往返無不仰蒙神庇安穩收帆，如上年餉船四隻皆被風吹散，分泊南北各口，以次起運到郡登岸未久，即颶風大作同深慶幸，道光二十八年七月間，餉員遭風沈溺，復隨浪送上灘岸得生，臺人咸謂天后靈感，如響斯應，伏查列聖頒有封號，載在祀典，懇乞奏請加封，吾臺郡城內，舊有天后宮一座極為閎敞，創建於康熙二十三年，為歷來官民祈報總匯之所，現擬集捐興修，並懇請頒匾額，俾海外黎獻得遂瞻就之忱等由，恭查天后靈佑昭垂，歷徵顯應，溯自康熙乾隆年間，疊奉加封為『護國庇民妙靈昭應宏仁普濟福佑群生誠感咸孚天后之神』，又乾隆五十三年臺灣大功告成，奉旨於福建湄洲天后神廟舊有封號上加封『顯神贊順』四字，嘉慶五年間，冊封琉球特筆，諭旨於福建湄洲天后神廟封號上加『垂慈篤祜』四字，道光六年辦理海運完竣，奉旨於江蘇上海縣天后神廟加封『安瀾利運』四字，道光十八年冊封琉球奏章諭旨晉封『澤覃海宇』四字，均經遵奉在案，此次臺灣鎮道以近年臺地海洋平靜，船隻往返安穩收帆，上年餉船被風吹散，分泊南北各口，以次起運登岸，未久即颶風大作，同深慶幸，仰見聖朝威德遐敷，百神效成，而天后之宣顯贊順，神祜彌隆，應請俯如該鎮道所奉奏請加封，並請欽頒匾額，以答神庥而廣福佑，由福建藩事慶端、署粵事趙霖，會詳請奏，前來除檄，飭臺灣鎮、道、府將應修郡城天后宮一座，迅速勸捐籌議建辦外，臣謹恭摺具奏，伏乞皇上聖鑒訓示，再福建巡撫係臣本任，毋庸會銜，合併陳明謹奏，咸豐二年七月二十四日。」
奉硃批「知道了」欽此，六月十七日。
咸豐皇帝下旨頒賜大天后宮聖旨文曰：
「咸豐三年歲次癸丑七月二十四日丁卯內閣奉諭旨王懿德 奏
神靈顯應懇請加封並頒匾額一摺，臺灣洋面近年以來極為平靜，凡船隻往返，安穩收帆，鮮有失事，上年餉船分泊各口，起運未久，即颶風大作，同深慶幸，此皆天后靈佑昭垂，朕心實深寅感，允宜加崇封號，以申虔敬所有應加封號，著禮部謹擬具奏，朕即親書匾額一方，交該署督派員，齎詣臺灣府城天后宮敬謹懸掛，以答神庥。」
— 此為本宮大殿正中《德侔厚載》匾
五、光緒7年（1881年）
臺灣沿海迭遭颶風狂雨，勢甚危急，經何璟、岑毓英詣大天后宮虔禱，風雨頓止，10月15日，以神靈顯應，頒臺灣府大天后宮及各屬天后廟匾額曰「與天同功」，交何璟等祇領，到大天后宮敬謹懸掛，以答神庥。
